《规划》强调，坚持创新是引领发展的第一动力，以深入实施创新驱动发展战略、支撑供给侧结构性改革为主线，全面深化科技体制改革，大力推进以科技创新为核心的全面创新，塑造更多依靠创新驱动、更多发挥先发优势的引领型发展，确保如期进入创新型国家行列，为建成世界科技强国奠定坚实基础。
《规划》描绘了未来五年科技创新发展的蓝图，确立了“十三五”科技创新的总体目标。国家科技实力和创新能力大幅跃升，国家综合创新能力世界排名进入前15位，迈进创新型国家行列;创新驱动发展成效显著，与2015年相比，科技进步贡献率从55.3%提高到60%，知识密集型服务业增加值占国内生产总值的比例从15.6%提高到20%;科技创新能力显著增强，通过《专利合作条约》(PCT)途径提交的专利申请量比2015年翻一番，研发投入强度达到2.5%。
《规划》提出建设高效协同的国家创新体系，并从培育充满活力的创新主体、系统布局高水平创新基地、打造高端引领的创新增长极、构建开放协同的创新网络、建立现代创新治理结构、营造良好创新生态等六个方面提出了总体要求。努力促进各类创新主体协同互动、创新要素顺畅流动高效配置，形成创新驱动发展的实践载体、制度安排和环境保障。
《规划》围绕支撑国家重大战略，充分发挥科技创新在推动产业迈向中高端、增添发展新动能、拓展发展新空间、提高发展质量和效益中的核心引领作用，重点强化六方面的任务部署。一是围绕构筑国家先发优势，加强兼顾当前和长远的重大战略布局。二是围绕增强原始创新能力，培育重要战略创新力量。三是围绕拓展创新发展空间，统筹国内国际两个大局。四是围绕推进大众创业万众创新，构建良好创新创业生态。五是围绕破除束缚创新和成果转化的制度障碍，全面深化科技体制改革。六是围绕夯实创新的群众和社会基础，加强科普和创新文化建设。
《规划》从落实和完善创新政策法规、完善科技创新投入机制、加强规划实施与管理等三方面提出了保障措施，强调完善支持创新的普惠性政策体系，深入实施知识产权战略和技术标准战略，建立多元化科技投入体系等。
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