在系统整合问题及细节都得以掌控后，工程系统整合应该要进入验正的阶段，这个阶段也是考验整个系统整合成果的阶段，在过去的工程中，有很多系统工程案例都是因为系统整合测试阶段无法通过验证，使得工程一直无法进入运转测试阶段，更别谈验收接管。而不管是工程人员还是监造顾问业主单位，对此阶段一定要慎重的去执行系统整合测试，不然工程商通过了，再发现问题恐怕无法获得工程商的诚心处理。要执行验证就应把握下列几项原则，以确实验明系统整合各项要求及功能，这些原则大致如下：
1、先单一系统进行功能运作，再连入系统操作方式以验证单一系统独立与整合运作有无异常。
2、仿真子系统中，不同故障情形以验证系统整合后，各子系统故障时对整体的影响度，若暂时隔离该系统故障部份对整合系统又有多大影响。
3、系统操作平台的顺畅性及系统全开时的整体运作，是否有执行瞬断或软件冲撞情形。
4、数据库及指令字段是整合命令执行依据，必需确认可以自动更新及备份，以防止系统当机后无法自动恢复运作。
5、各系统接地隔离方式不同，连接整合后可能引来对地噪音，对系统产生不良影响，需实际切实做好接地工作检测。
依上述原则做好系统整合验证后，就可以让整合系统正式进入运转测试阶段，试运转测试阶段可长可短，但基本上要有至少30天以上运作顺畅，妥善率也要达到一定标准，通常至少要达95%以上妥善率，当然100%是必然要求，也就是试运转期间只容许最多有5%的故障率产生才可以达到验收标准。
如果尝试运转的结果是达到验收标准的话，那工程系统整合过程就必然是精确执行的，工程的结果也就可以期待，反之则可能是恶梦的开始。因此若可以将系统整合推动完成试运阶段，在系统整合上可以说已画下一个完美的句点。
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